Cieksyn i okolice leżą w południowej części Wysoczyzny Ciechanowskiej. Rzeźba tej jednostki jest najbardziej urozmaicona spośród wszystkich części Niziny Północnomazowieckiej. Występują tu silnie zniszczone i słabo zaznaczone moreny z okresu zlodowacenia środkowopolskiego.
W czasie ostatniego zlodowacenia obszar ten był przedpolem lądolodu. Wody wypływające z topniejącego lądolodu osadzały tu drobny materiał skalny, głównie piaski i żwiry. Formy terenu, które przetrwały, to wydmy paraboliczne, usypane na przedpolu lądolodu przez wiatr. Są one silnie zdenudowane i utrwalone przez roślinność. Procesom denudacyjnym nie oparły się również jeziora. Jedynym wyjątkiem jest jezioro w pobliskim Błędowie. Wody powierzchniowe spływają do Wkry i jej lewobrzeżnych dopływów – Nasielnej i Sony. Główną osią tego obszaru jest dolina Wkry, która ogranicza Wysoczyznę Ciechanowską od zachodu. Ma to swoje odbicie w krajobrazie. Lewy brzeg jest wysoki a prawy przeważnie niski. Wkra wpływa do Narwi w okolicy Pomiechówka. Występują tu formy typowe dla dolnego odcinka rzeki jak starorzecza widoczne w pobliżu ujścia Nasielnej oraz w niedalekim Szczypiornie. Rosną tam łąki z wierzbami (Szczypiorno) lub olsy z przewagą olchy (Cieksyn). Nasielna, płynąca w pobliżu szkoły płynie krętą doliną o dość stromych zboczach porośniętych olchami i wierzbami. W korycie Wkry występują kępy widoczne z mostu. Woda w tych rzekach jest, po zamknięciu starej cukrowni w Glinojecku i zakładów mleczarskich w Nasielsku, dosyć czysta. Spotyka się w nich raki.
Na Nasielnej, w pobliżu boiska szkolnego, nurt rzeki został spiętrzony tamą, którą pobudawaly bobry. W wyniku tego spiętrzenia (ok.1m) powstało malownicze rozlewisko.
W klimacie przeważają cechy klimatu umiarkowanego kontynentalnego. Średnia temperatura w lipcu wynosi 180C a w styczniu ok.-30C. Średnie sumy opadów należą do najniższych w Polsce i wynoszą 500 mm. Występuje tu deficyt wody. Na podłożu pochodzenia polodowcowego wykształciły się niezbyt urodzajne gleby bielicowe (na piaskach) oraz brunatne (na glinach).
Nizina Mazowiecka to obszar o najmniejszej lesistości w Polsce. Okolice Cieksyna stanowią jednak wyjątek od tej reguły. Od zachodu i północy miejscowość otaczają dość duże kompleksy leśne dochodzące do Wkry. Niewielkie lasy występują, też wyspowo na terenie wsi. Są to lasy sosnowe z niewielką domieszką brzozy i świerka.
Na mało żyznych glebach bielicowych (Cieksyn, Andzin, Borkowo, Lelewo) uprawia się przeważnie żyto i ziemniaki, a na glebach brunatnych powstałych na glinach polodowcowych (Gawłowo, Wiktorowo) – pszenicę i jęczmień. Na łąkach nad Wkrą i Soną wypasa się bydło. Cieksyn to typ wsi zwany wielodrożnicą Powstała ona wzdłuż kilku ulic. Jest to jeden z najstarszych typów wsi w Europie. Zabudowania są zwarte, rozmieszczone wzdłuż ulic w sposób chaotyczny. Układ pól jest również nieregularny.Szkoła umiejscowiona jest w środkowej części wsi przy głównej ulicy Marszałka J. Piłsudskiego.
Lasy, czysta rzeka, brak przemysłu w okolicy i niewielka odległość od Warszawy, to czynniki przyciągające mieszkańców stolicy do Cieksyna i okolicznych wsi jak Borkowo i Lelewo. Warszawiacy wykupują od rolników działki we wsi, w lasach nad Wkrą i budują domy letniskowe. Spędzają tu urlopy odpoczywając od wielkomiejskiego hałasu.
Atrakcją turystyczną miejscowości jest także zabytkowy kościół z XIV w.
